Ihre Blütezeit erlebte diese Region zu Zeiten der Römer, als die Siedlung unter dem Namen Civitas Ossobonensis bekannt war. Das Gebiet reichte damals bis zur heutigen Stadt Tavira und umfasste zahlreiche römische Villen, deren Bewohner spezifischen Tätigkeiten (industrielle Fertigung, Landwirtschaft, Fischfang) nachgingen. Dieser Abschnitt der Geschichte ist belegt durch die Fundstücke, die aus Ausgrabungsstätten in der Stadt stammen und heute im Archäologischen Museum Infante D.Henrique ausgestellt sind, und durch die Ruinen von Milreu in der Nähe von Faro.
Im 9. Jahrhundert erhielt der Ort den Namen Santa Maria Ibn Harun nach der arabischen Familie, die das Gebiet damals regierte. Daraus entwickelte sich der heutige Name Faro. Auch während der Maurenherrschaft war es den Christen erlaubt, ihren Glauben zu praktizieren, was erklärt, wie sich der Zusatz “Santa Maria” im Namen erhalten konnte. Neben den archäologischen Ausgrabungen erinnert uns das Arabische Tor (das Teil des Stadttores Arco da Vila ist) an jene Zeit, als dies einer der Eingänge war, durch die man in den von Mauern umschlossenen Ortskern, die sogenannte Vila-Adentro, gelangte.
1249, während der Regierungszeit von König Afonso III., gelang es den Christen, Vila-Adentro endgültig zurückzuerobern. Daraufhin erbauten sie an der Stelle der ehemaligen Moschee die Kathedrale und verstärkten die Stadtmauern als Zeichen der neuen Machtverhältnisse.
Im 16. Jahrhundert entwickelte sich Faro zu einem bedeutenden Handelszentrum an der Algarve, eine Funktion, die der Ort auch in den folgenden Jahrhunderten beibehalten sollte. 1540 wurde Faro zur Stadt erhoben, damit der Bischofssitz von Silves hierher verlegt werden konnte. Ein Großteil der sakralen Bauwerke in Faro stammt aus dieser Zeit. Der damalige wirtschaftliche Reichtum spiegelt sich in der Pfarrkirche und in den Klöstern São Francisco, Nossa Senhora da Assunção (in dem heute das Archäologische Museum Infante D. Henrique untergebracht ist), Santiago Maior und Santo António dos Capuchos wider.
Durch eine Umstrukturierung der Verwaltung wurde Faro im 19. Jahrhundert zum Verwaltungszentrum der Region und entwickelte sich zu einer der wichtigsten Städte an der Algarve. Adel und Bürgertum errichteten ihre prächtigen Wohnsitze, und die wohlhabendsten Familien hatten sogar ein zweites Haus in der Umgebung. Ein besonders beeindruckendes Beispiel ist der Palast von Estói.
Während Ihres Aufenthalts in Faro sollten Sie neben der Besichtigung der bereits erwähnten architektonischen Sehenswürdigkeiten auch einen Besuch mit der Familie im kürzlich eröffneten Zentrums der Lebendigen Wissenschaften einplanen, das gerade den Jüngsten viel Interessantes zu bieten hat.
Zu den Naturschönheiten in der Umgebung der Stadt zählt der Naturpark Ria Formosa.